Храм во имя преподобного Онуфрия Великого является одним из старейших на Кубани и имеет статус памятника истории и культуры XIX века федерального значения.
В 1828 году турецкая крепость Анапа была взята штурмом русскими войсками под начальством генерал-адъютанта Меньшикова и при содействии Черноморского флота под начальством вице-адмирала Грейга. Вскоре в старом саманном доме, использовавшемся для нужд Адагумского казачьего полка, был открыт молитвенный дом, посвященный памяти святых Онуфрия Великого и Петра Афонского, празднуемых православной церковью 12 июня (именно в этот день и была взята Анапа).
Одним из первых вопросов, возникших перед новыми властями Анапы, стало обустройство православного храма для удовлетворения религиозных нужд гарнизона и первых переселенцев. Наиболее приспособленным крупным зданием для ведения служб была главная турецкая мечеть, располагавшаяся в северо-восточной части крепости. Комендант принял решение переоснастить строение под церковь. Солдаты гарнизона помогли освободить здание от мусульманской символики, сделать ремонт помещения и создать его соответствующее убранство, пополненное в том числе полковыми образами и иконами жителей крепости. Священником, начавшим службы в новом приходе, стал о. Симеон Соколовский, которому был определен штат в количестве 2 причетников (дьякон и псаломщик) с выплатой жалованья. С 1830 года начинаются работы по возведению храма. Строилась новая церковь силами артелей, нанятых Строительным комитетом и возводивших жилье для водворявшихся в Анапе поселенцев.
25 (12) июня 1837 года храм был освящен во имя Святого Онуфрия и Петра Афонского. А уже через три месяца Анапа принимала императора Николая I, совершавшего поездку по Кавказу. Около 11 часов вечера 23 сентября 1837 года пароход «Северная звезда» достиг анапской пристани.
-Николай Павлович, сев в первый экипаж вдвоем с комендантом, приказал ехать в церковь. Сопровождающие лица проследовали за императором. Процессия въехала в крепостные ворота, находящиеся у пристани близ бастиона, на котором располагалась «красная батарея». Проехав вдоль северной крепостной стены, экипажи повернули к церкви. На паперти в окружении причта стоял священник с крестом в руках. Звонарь изо всех сил бил в колокола, соревновавшиеся в громкости с всеобщим народным «Ура!». Государь вышел из коляски, и наступила тишина. Николай Павлович осенил себя крестным знамением и поклонился храму… Выслушав молебен и приложившись к кресту, государь изволил поехать сначала по бастионам,-сообщают источники тех лет.
25 мая 1855 года в ходе Крымской войны войска крепости, которыми командовал вице-адмирал Серебряков, покинули Анапу, предварительно разрушив крепостные стены, взорвав пороховые погреба, уничтожив орудия, предав огню казармы и все здания. Заняв город Сефер-бей нашел здесь одни развалины.
10 июля 1856 года русская армия отбила Анапу, но православный храм был сильно разрушен, и служба была вновь перенесена в старый молитвенный дом, просуществовавший до 26 мая 1876 года
На месте разрушенного храма по плану, утвержденному 16 июня 1871 года Кавказским Наместником, построили каменную церковь «о трех главах с одним алтарем», верх деревянный, покрытый железом. Храм сооружался на средства анапчан-«сбор сначала по 5 рублей, а затем по 2 рубля с мужской души». Всего на строительство храма было потрачено около 24 тысяч рублей. 12 июня 1874 года состоялось освящение храма. В 1881 году в церкви был устроен придел в честь Св. Благоверного князя Александра Невского.
Главным инициатором и руководителем строительства церкви был начальник Черноморского округа генерал-майор Д.В. Пиленко, вложивший немало стараний и личных средств. Постройкой храма руководил комитет во главе с капитаном Яновским. В 1888 году при церкви, в отдельном каменном здании, была открыта церковно-приходская школа.
2 января 1878 года Анапа была обстреляна с турецкого корабля, и один из снарядов попал в здание церкви навылет. Место попадания отметили кругом черной краски, «долженствующим напоминать грядущему потомству о поранении святыни».
В 1930-е годы Свято-Онуфриевская церковь была разорена большевиками, а в 1936 году её здание было передано под краеведческий музей. Во время немецкой оккупации богослужения в храме были возобновлены.
В 1964 году храм закрывается властями, демонтируются купола и колокольня, здание передается Дому пионеров и школьников. Прихожане, организовав сбор средств, приобретают жилой дом на ул. Гребенской в Анапе, в котором устраивается церковь, освященная во имя Онуфрия Великого.
В 1991 году храм был передан православной общине, 1 декабря того же года вновь освящён и возобновлены богослужения. Храм на улице Гребенской переосвящается в честь преподобного Серафима Саровского. К концу 1990-х годов завершено восстановление и благоустройство Свято-Онуфриевского храма.
по материалам Анапского археологического музея
Строительство колокольни, 1990-е годы